目前，我国棉花产业面临诸多困境，表面上看是棉农和纺织企业之间的利益冲突，实则为以收储、进口配额政策为主的国家调控和市场调控之间矛盾的激化，以下就从这两方面进行分析。
收储政策：国家正在寻找平衡政府和市场的长效机制
在经历了2010年棉花的“疯狂”之后，从2011年起经国务院批准开始实施棉花临时收储政策。
国家收储的确托起了中国棉花价格，甚至对全球棉花价格的稳定也起到了支撑性作用，但这一政策又面临极大的困境：一方面，目前的收储价格仍不足以调动棉农种植棉花的积极性，棉花种植面积逐年递减能够说明这点。2012年全国植棉面积下降约6%，至约7408万亩，而根据中国棉花信息网5月生产调查，2013年棉花意向播种面积为7065万亩，同比再减4.6%。另一方面，收储政策导致的高棉价已经严重损害了纺织企业的利益。我国是纺织品服装重要出口国，但棉纺行业却面临严峻挑战，除了出口市场需求增长乏力、人民币汇率侵蚀纺企利润、国际竞争更加激烈、贸易保护主义持续升温等，人工和棉花原料成本增加使得我国外贸传统优势丧失。20400元/吨不限量收储使得现货市场上流通的棉花资源十分有限，尤其是高等级棉花，且价格节节攀升，棉纺织企业生存堪忧。
进口政策：棉花是否会成为“第二个大豆”
我国进口第一位的农副产品是大豆，其次是畜产品和棉花。在棉花进口问题上，国家同样是本着保证我国棉花产量稳定的初衷，但进口配额政策又将所有的压力加在了纺织企业头上。持续的价格倒挂，最高至6000元/吨的内外价差，连配额都卖到3300元/吨，纺织企业生存愈加艰难。
关于棉花的进口问题，在第八届中国国际棉花会议上，杜珉表示棉花应该不会重蹈大豆覆辙，主要因国内有配额政策，且棉花产业链长，不易被控制，但是中国农业大学校长柯柄生却提出了不同意见，他认为棉花进口将会持续增加，尤其是棉花市场化以后。此外，国产棉花质量欠佳，据称今年部分地区棉花等级较低，棉企将5级棉和较高等级棉花搅在一起构成主体等级为4级的棉花交储，因此纺织企业普遍反映今年储备棉等级较低、质量较差，就连新疆棉也掺杂了低等级棉花。即便如此，受配额限制，纺企也不能使用质优价廉的进口棉。目前棉花质量问题已经影响了纺织企业高支纱的生产，对我国棉花品牌也产生了不利影响。
